酵母菌存在於各種空間，隨手俯拾即是，他會落在蘋果、葡萄等蔬果外皮，枯枝落葉的表面，甚至馬糞當中也能發現他(PANETTONE的發酵種，傳統就是由馬糞中採集存在於馬腸內的乳酸菌培養而成的)。所以廣義來說，酵母都是天然的。他藉著氧氣、水、以及其他的營養成分(胺基酸、維生素、無機質等)進行出芽增殖，一旦沒有氧氣就會開始發酵。
先來說說一般酵母，又被稱為商業酵母者，就是將適合用來製作麵包的菌種給抽出培養，其特性是因為菌種單純所以容易掌握他的發酵狀態，使用上的方便性大大的提高，但在風味上的表現也就單調了許多。
天然酵母就是利用落在蔬果穀物等表面的菌類，以其所附著之物做為孕育的溫床，長成具有豐富滋味的發酵種。由於究竟會有甚麼菌種落下、以及所選用的蔬果穀物的風味也不會每每相同，交錯影響之下，該如何餵養、到怎樣的程度可以使用了、甚至使用時配方如何調整、烤焙過後的風味會是如何的風貌，從來沒有人能說得準，必須倚靠經驗去調整，成果也總是驚喜。(當然也難免會失落)
雖然天然酵母這麼的不好照顧，對於營業的店面來說使用上也非常的不方便，因為他既耗時又較不易大量製作，發酵狀況也較難掌握，但是他誘人的地方就在於繁複工法造就出的豐富風味！
最常見被用來製作天然酵母者，可以葡萄乾和黑麥粉做為代表。最簡單的做法就是加水混合後，每天持續翻動，將部分起種再加粉水混合，大約一星期左右就可以完成最後的發酵種。加水的目的是將附著於蔬果穀物的菌種給分離出來。在製作天然酵母的配方中，也有添加糖分(給酵母的養分)或者麥芽精(幫助分解澱粉中醣類供給酵母)的做法，都可以依據需求去做調整。市面上也可見得天然酵母粉，只要調水然後放在適當的容器、溫度、時間下，就可以直接使用，相當方便且也能表現出天然酵母的美好風味。
天然酵母麵包最讓人好奇的，大概就是「為什麼他的味道會偏酸？」如前所述，天然酵母是讓菌種自然落下而後培養出來的，發酵種裡含有各種菌類，其中所含之乳酸菌跟醋酸菌一同大量發酵繁殖之後，就會產生以乳酸或醋酸為主的有機酸等等副產物，故而天然酵母麵包味道會較為複雜，且略微帶有酸味。
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